מוסד הרב קוק ד היא הוצאת ספרים, המתמחה בהוצאת ספרי קודש בתחומים שונים. גולת הכותרת שלמענה הוקמה ההוצאה היא הוצאת כתבי הראי"ה (כתביו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק, ביניהם: אגרות הראי"ה, אורות, אורות הקודש, מוסר אביך, עולת ראיה וכו'). סדרות דעת מקרא ותורת חיים,, פירושי ראשונים על התורה,
במסגרת הוצאת הספרים פועל גם "מכון להוצאת ראשונים ואחרונים" המתמחה בהוצאת מהדורות מדעיות ומוגהות של כתבי פרשנים ראשונים על הש"ס, כדוגמת הריטב"א, הרשב"א ורבנו נסים (הר"ן).