סט אוצר הגאונים 6 כרכים - על סדר הש"ס / הוצאת וגשל
חיבורו המרכזי של בנימין מנשה לוין הוא "אוצר הגאונים" בן שנים עשר הכרכים. מטרתו, לפי דברי המחבר בהקדמת הכרך הראשון, היא לכנס את תורתם של גאוני סורא ופומבדיתא ולאסוף את כל תשובותיהם ופירושיהם מכל המקומות אשר נפוצו שם בין בספרי הראשונים, בין בקובצי אחרונים ובין בכתבי-יד שונים, ולסדרם על סדר התלמוד.
המחבר חילק את כל החומר של התשובות והפירושים לשניים, התשובות לבדם והפירושים לבדם (פרט למסכת נזיר-סוטה, שנדפסו שם יחד). ונוסף פירוש רבינו חננאל שליקט ואסף מספרי הראשונים ומכתבי-יד שונים. המחבר כותב שמחמת קוצר הזמן לא יכול להאריך כראוי בהערות, ועיקרן הוא אפוא רק מראה מקום ומקור ראשון של כל דבר קטן או גדול שבא בפנים, ולעיתים העיר גם על היחס המסופק של התשובה או הפירוש לגאון זה או אחר וכדומה.
בכרכים א-ב נוספו הערות של הפרופ' יעקב נחום אפשטיין, ובכרככים ה-ו נוספו הערות (לספר הערוך) של הפרופ' שרגא אברמסון. על חיבורו זה זכה בפרס ביאליק לחכמת ישראל לשנת תרצ"ה.